Molecular biological and biological methods in water technology
Molekulárně biologické a biologické metody v technologii vody
Vedoucí/Supervisor
Doc. RNDr. Jana Říhová Ambrožová, Ph.D.
Jazyk/Language
Czech
Abstrakt
Tato disertační práce se zabývala detekcí indikátorů obecného znečištění (celkové počty bakterií při 22 °C a 36 °C), indikátorů fekálního znečištění (koliformní bakterie, bakterie Escherichia coli, intestinální enterokoky a Clostridium perfringens) a hygienicky významných bakterií (Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Salmonella spp.) ze vzorků vod.
Cílem této práce bylo zhodnocení možnosti využívat alternativní metodiky pro detekci ze vzorků vod již zmíněných skupin organismů a také zavedení molekulárně biologické metody PCR – polymerázové řetězové reakce pro detekci koliformních bakterií, bakterie Escherichia coli, intestinálních enterokoků, Clostridium perfringens, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus a Salmonella spp..
K detekci indikátorů obecného znečištění, indikátorů fekálního znečištění a hygienicky významných bakterií byly použity standardní kultivační metody dle platných norem a také vybrané alternativní metodiky – Colilert®, Colisure®, Enterolert®, Pseudalert®, Compact Dry, HiTouch™FlexiPlate™, DriFilter™, Envirocheck®, HiDip Slides™, Pádlové testery, PathChek Hygiene Pathogen, Rapid Salmonella agar, HiCrome MM agar a HiCrome Salmonella agar.
Alternativní metodiky pro detekci indikátorů obecného znečištění, indikátorů fekálního znečištění a hygienicky významných bakterií ze vzorků vod se ukázaly jako vhodné metodiky buď plně nahrazující (Colilert®) normované metody či jako metody vhodné na monitoring nebo pro výzkumné účely nebo čistě jen pro screening vzorků vod. Prokázaly také svoji jednoduchost, praktičnost a v mnohých případech poskytovaly výsledky mnohem dříve než klasické kultivační metody.
Metoda PCR se osvědčila jako metoda vhodná pro detekci indikátorů fekálního znečištění (koliformních bakterií, bakterie Escherichia coli, intestinálních enterokoků, Clostridium perfringens) a hygienicky významných bakterií (Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus a Salmonella spp.) ze vzorků vod i z čistých kultur. Metoda ukázala vyšší spolehlivost a citlivost než klasické kultivační techniky.
Abstract
This dissertation thesis deals with detection of the generall microbial indicators (total heterotrophic bacteria), faecal indicators (Coliforms bacteria, Escherichia coli, Enterococci and Clostridium perfingens) and health-related bacteria (Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Salmonella spp.) from water samples.
The aim of the dissertation thesis was the evaluate possibilities of using alternative methods for detection of the generall microbial indicators, faecal indicators and health-related bacteria in water samples. And also introduction of molecular biological method PCR – Polymerase Chain Reaction for detection of coliforms bacteria, Eschericia coli, Enterococci, Clostridium perfringens, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus and Salmonella spp..
For detection of the generall microbial indicators, faecal indicators and helath-related bacteria standard cultivation methods were used. Selected alternative methods were used – Colilert®, Colisure®, Enterolert®, Pseudalert®, Compact Dry, HiTouch™FlexiPlate™, DriFilter™, Envirocheck®, HiDip Slides™, Paddle Testers, PathChek Hygiene Pathogen, Rapid Salmonella agar, HiCrome MM agar a HiCrome Salmonella agar.
Alternative methods have been found suitable for detecting generall microbial indicators, faecal indicators and helath-related bacteria in water samples. Especially Colilert®, which can replace the standard cultivation method. The other methods can be used for monitoring, research or screening purposes. Alternative methods also showed simplicity, ease of use and in many cases they provided results much sooner than conventional cultivation methods.
PCR is a suitable methods for detection of faecal indicators (coliform bacteria, Escherichia coli, Enterococci, Clostridium perfringens) and related-health bacteria (Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus and Salmonella spp.) in water samples and pure cultures. PCR methods showed high reliability and sensitivity than conventional cultivation methods.