Téma dizertační práce
Využití bakterií anammox jako zdroje specifických membránových fosfolipidů
Problém
Bakterie anammox, jež se dnes již běžně využívají pro odstraňování sloučenin dusíku z odpadních vod obsahují unikátní lipidy, ladderány. Tyto fosfolipidy, které se nevyskytují u žádné jiné bakterie, tvoří mimořádně rezistentní membrány díky své specifické cyklobutanové struktuře. Dosavadní informace o těchto lipidech, jejich syntéze a podmínkách, které ovlivňují jejich strukturu jsou však zatím minimální a brání tak potenciálnímu využití ladderánů.
Řešení
Cílem tohoto výzkumu je opětovné použití bioodpadu z čistírny odpadních vod jako zdroje ladderánů, které mohou být využity jako biopalivo nebo v chemickém průmyslu. Proto se tento projekt bude věnovat detailnímu popisu vlastností a funkcí membrán tvořených ladderány, jejich syntézy, hledání způsobů extrakce, charakterizace a následného využití ladderanů. Za tímto účelem bude provozováno několik reaktorů s bakteriemi anammox, jak s enrichmenty, tak i kulturami využívanými v čistírnách odpadních vod. Vliv vnějších podmínek, složení mikrobiální populace a další budou sledovány jako faktory ovlivňující strukturu a funkci ladderánů.
Další oblasti zájmu
- Projekt GAČR LADDEROSOME - 20-13766S – Unikátní ladderánové fosfolipidy v bakteriích anammox: potenciální cenný produkt z odpadních vod 2020–2022
- Projekt TAČR MICROGENEL eliminace mikropolutantů a genů antimikrobiální rezistence z životního prostředí - 2019 - 2021 - člen týmu VŠCHT od 07/2020, účinná spolupráce s PVK a.s.
- Stáž v Biothane Anaerobic Technologies, Water Treatment Technologies Veolia
- Spolupráce s Integrated DNA Technologies, Inc. na optimalizaci CRISPR-Cas9 pro genomové editování Ascomycetes
- Kurz cytometrie od České Společnosti pro Analytickou Cytometrii
- Virologie a antivirotika (Stáž v laboratoři Doc. RNDr. Jana Konvalinky, CSc., Proteázy Lidských Patogenů, Ústav Organické Chemie a Biochemie AV ČR)
- Bioremediace, Degradace PCP, farmaceutik apod. (Stáž v laboratoři Prof. RNDr. Tomáše Cajthamla, Ph.D., Environmentální Biotechnologie, Mikrobiologický Ústav, AV ČR)
Vzdělání
- 2020 – současnost: Studium Ph.D. v oboru Chemie a technologie ochany životního prostředí, Fakulta Technologie Ochrany Prostředí, VŠCHT
- 2018 – 2020: Studium M.Sc. v oboru Sustainable Biotechnology, Faculty of Engineering and Science, Aalborg University
- 2015 – 2018: v oboru Molekulární biologie a biochemie organismů, Přírodovědecká Fakulta, Univerzita Karlova
Podíl na výuce
- Laboratoře analytiky vody
Publikace
Články:
- Kouba, V., Bachmannova, C., Podzimek, T., Lipovova, P., van Loosdrecht, M.C. 2022. Physiology of anammox adaptation to low temperatures and promising biomarkers: a review. Bioresour. Technol., Accepted.