Počkejte prosím chvíli...
Nepřihlášený uživatel
Nacházíte se: VŠCHT PrahaFTOPÚstav technologie vody a prostředí  → Věda a výzkum → Projekty → ARG Tech → COVID
iduzel: 61113
idvazba: 72491
šablona: stranka
čas: 28.6.2022 11:12:39
verze: 5054
uzivatel:
remoteAPIs:
branch: trunk
Obnovit | RAW

Monitoring přítomnosti viru SARS-CoV-2 v pražské odpadní vodě

 ◳ Vše (jpg) → (šířka 450px)

Sledování množství RNA viru SARS-CoV-2 v odpadních vodách poskytuje informaci o reálné virové náloži cirkulující v celé populaci. V projektu ARG Tech sledujeme pražské odpadní vody jednak v celku (hlavní přítok pražské čistírny odpadních vod), jednak ve specifických lokalitách (VŠ koleje, letiště, obchodní centra atd.). Ve spolupráci s pražskou hygienickou stanicí sledujeme také některé základní školy na Praze 9 a vybrané domy s pečovatelskou službou.

Naše data ukazují, že množství viru v Praze celkově stoupá již od června a v tuto dobu se pohybuje na hodnotách odpovídajících přelomu března a dubna letošního roku. Velmi hrubým odhadem se dá předpokládat, že se v Praze vyskytuje až 10 000 osob infikovaných nemocí COVID-19.

Jaké jsou hlavní výhody monitoringu odpadních vod?

Data z odpadních vod jsou nezávislá na chování obyvatelstva, dostupnosti klinického testování nebo nastavení vládní politiky, což vše negativně ovlivňuje přesnost oficiálních statistik nakažených. Jednoduše řečeno, pravděpodobnost vylučování RNA viru SARS-CoV-2 ve stolici nezávisí na tom, jestli daný jedinec podstoupil klinické testování.

Jak měříme obsah SARS-CoV-2?

Vzorky nejprve odstředíme a fragmenty virů přítomné v kapalné fázi navážeme na polyethylenglykol (PEG). Poté vzorek opět odstředíme a virovou RNA extrahujeme z usazené pelety PEG činidlem TRIzolTM (fenol-chloroformová extrakce).

Následuje RT-qPCR (Reverzní transkripce - kvantitativní polymerázová řetězová reakce v reálném čase), podobně jako je tomu u klinických vzorků. V našem případě kvantifikujeme především gen nukleokapsidy N1, ale zaměřujeme se i na geny N2 a RdRp a gen spikového proteinu S.

Množství virové RNA pak vyjadřujeme jako počty kopií cílového genu N1 v jednom litru odpadní vody.

Jak se SARS-CoV-2 dostává do odpadních vod?

Ve stolici většiny pacientů s nemocí COVID-19 lze nalézt velké množství RNA viru SARS-CoV-2, která posléze končí v odpadních vodách, kde je stálá alespoň ve fragmentech minimálně několik dní. Bohužel není jasné kolik přesně pacientů RNA viru ve stolici vylučuje (v různých studiích se uvádí 60 - 100 %) ani množství produkované RNA (rozpětí je 103 - 107 kopií RNA v gramu stolice) a nebyla nalezena ani korelace s vážností symptomů nemoci.

Naštěstí z dlouhodobých dat z celého světa se ukazuje, že průměrná množství RNA z většího počtu obyvatel velmi dobře korelují s celkovým průběhem epidemie.

Jak odhadujeme počty nakažených?

Odhad počtu nakažených na základě dat z odpadních vod je vždy velmi hrubý a jde nám spíše o to predikovat základní trendy (růst či pokles počtu nakažených). Rušivými vlivy můžou být např. výkyvy v průtoku odpadních vod vlivem srážek nebo rozdílná produkce virových částic u různých variant viru.

Nicméně během předcházejícího průběhu epidemie v Praze jsme vždy pozorovali poměrně dobrou korelaci mezi daty z odpadních vod a vývojem epidemie a alespoň řádově jsme schopni počty nakažených v dané lokalitě odhadnout.

Kde SARS-CoV-2 monitorujeme?

 ◳ Fig. 1b (png) → (šířka 215px)V současné době dvakrát týdně vzorkujeme hlavní přítok na pražskou čistírnu odpadních vod (stoku "ACK"), která odvádí cca 50 % pražských odpadních vod. Kromě toho jednou týdně vzorkujeme 10 menších pražských stok, které reprezentují rezidenční čtvrti, nákupní centra, studentské koleje atd. V předešlých fázích projektu jsme sledovali až 22 malých stok a 4 velké (tzv. kmenové) stoky.

Na obrázku vpravo jsou zobrazena území odvodňovaná stokami K, C a F, které jsme v minulosti vzorkovali. Povodí stoky ACK ohraničuje červená čára.

Od září monitorujeme také několik pražských základních škol a rozjíždí se cílený monitoring domů s pečovatelskou službou a několika VŠ kolejí.

Stanovování viru SARS-CoV-2 v odpadní vodě

c19_tit
c19_0
c19_1
c19_2
c19_3
c19_4
c19_5

Aktualizováno: 14.3.2022 08:23, Autor: Jan Bartáček

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
zobrazit plnou verzi